公司跨区迁移办理流程主要包括以下步骤：，1. 提交申请：向迁入地登记机关提交跨区迁移申请，并提交相关材料。，2. 迁出登记：原登记机关对申请进行审查，确认无误后办理迁出登记，并出具相关证明文件。，3....